Pajūrio regioninio parko bei parko apsaugos zonos teritorija pagal gamtos ir kultūros vertybes, jų pobūdį, apsaugos formas ir naudojimo galimybes skirstoma į konservacinės apsaugos, ekologinės apsaugos, rekreacinio, gyvenamosios ir krašto apsaugos prioriteto bei parko buferinės apsaugos zonas.

Pajūrio regioninio parko konservacinei zonai priskirtas Plazės gamtinis rezervatas, Nemirsetos, Šaipių ir Olando Kepurės kraštovaizdžio, Karklės jūrinis, Kalotės botaninis -zoologinis ir Karklės etnokultūrinis draustiniai.

Ekologinės apsaugos prioriteto zonai priskirtos agrarinės teritorijos, nepasižyminčios gamtos ar kultūros paveldo vertybėmis, tačiau atliekančios svarbias geoekologines, pirmiausia kraštovaizdžio ir vandenų apsaugos, funkcijas. Išskirtą bendros ekologinės apsaugos zoną parke sudaro Karklės- Dargužių – Kalotės agrarinės žemės ūkio naudmenos.

Rekreacinio prioriteto zonai priskirtos Karklės, Nemirsetos Bendikų ir Kukuliškų rekreacinės teritorijos bei Karklės ir Nemirsetos pliažų zonos.

Gyvenamosioms zonoms priskirtos Kalotės ir Zeigių (sodininkų bendrijos) gyvenviečių teritorijos. Šiose teritorijose numatoma reglamentuota statyba ir inžinerinės infrastruktūros įrengimas bei želdynų formavimas.

Kalotė

Krašto apsaugos zonai priskirta krašto apsaugos objekto Anaičiuose teritorija, kurioje yra vakarų Lietuvos ekstremalių situacijų gelbėjimo centras.

Parko buferinės apsaugos teritorijai priskirtos Bruzdeilyno – Grabių – Dargužių – Kunkių - Zeigių - Normantų agrarinės teritorijos iki Palangos plento bei Nemirsetos ir Anaičių agrarinės ir miško teritorijos tarp senojo ir naujojo Palangos plentų. Šioje teritorijoje reglamentuojama statyba ir inžinerinės infrastruktūros įrengimas, skatinamas želdynų formavimas agrarinėse teritorijose.

Pajūrio regioninio parko teritorijos pasiskirstymas funkcinio prioriteto zonomis